A 3 chilometri a est del villaggio di Malia si trova il sito archeologico del Palazzo minoico di Malia.
Contemporaneo ai palazzi di Cnosso e Festo,il sito archeologico custodiva il famoso ciondolo d’oro con le api, ora esposto all’interno del Museo Archeologico di Iraklio, e una tavola rotonda con piccole cavità intorno al bordo e una più grande al centro, retta in piedi da una base, ritenuta una sorta di kernos della Grecia classica.
Fotografie e modelli in scala aiutano il visitatore a comprendere il complesso in rovina e a visualizzare il palazzo principale e i luoghi circostanti.
Lo scavo intorno al Palazzo di Malia, il terzo in ordine di grandezza dei palazzi minoici cretesi e sicuramente il più provinciale, è ancora in corso ma già adesso si possono apprezzare la dimensione e la complessità della struttura esterna.
Il Palazzo era composto da due piani e intorno ad esso si trovavano la loggia, il teatro, alcuni santuari, i quartieri reali e molti altri edifici.
Nella parte settentrionale del sito archeologico di Malia si trova la Cripta Ipostila: scoperta recentemente, ha una grande sala sotterranea con il soffitto sorretto da colonne ed è considerata la camera di consiglio per le deliberazioni politiche.